Las huellas de la presencia humana en la región datan de hace miles de años. Uno de los más antiguos es el Mamoa de Lamas, un monumento megalítico construido en el período neolítico. Sin embargo, solo se puede demostrar la existencia de asentamientos en Braga en la Edad del bronce.

En la Edad del hierro, se desarrollaron los castros. Estos asentamientos eran propios de lugares en relieves altos. Sus habitantes eran los celtas y esta región, en particular, estaba habitada por los brácaros.

Se cree que los romanos construyeron la ciudad en 15-16  a. C. con el nombre de Bracara Augusta, después de la campaña de Augusto contra cántabros y astures. ​ Se convertiría en la capital de la provincia de la Gallaecia.

La caída del Imperio romano dio lugar, en 411, a la conquista de la Gallaecia por los suevos, que mantendrían la capital en la ciudad hasta la derrota de estos por los visigodos en el año 585.

Braga permanecería bajo dominio visigodo hasta la invasión musulmana de Hispania.

En el año 716, los árabes conquistaron Braga, lo que causó graves daños en la ciudad, en gran parte debido a su importancia religiosa.15​16​ Fue reconquistada en 868 por Alfonso III de Asturias

En el siglo XI la ciudad fue reorganizada, probablemente con la nueva denominación de Braga. La construcción de la muralla de la ciudad y de la catedral sobre los restos de un antiguo templo romano dedicado a la diosa Isis, que más tarde se convirtió en una iglesia.

Tras la independencia de Portugal, proclamada por Alfonso Enríquez en 1139 y reconocida por Alfonso VII de León en 1143, Braga pasó a formar parte del nuevo reino, al que pertenecería hasta la actualidad.

En el siglo XVI, el arzobispo de Braga, Diogo de Sousa, modificó profundamente la ciudad, con la construcción de nuevas calles, plazas y nuevos edificios, lo que causó también el crecimiento de la ciudad más allá del perímetro amurallado.

Desde el siglo XVI hasta el siglo XVIII, por intermedio de varios arzobispos, los edificios de arquitectura medieval fueron progresivamente reemplazados por edificios construidos según la arquitectura religiosa de su tiempo.

En el siglo XVIII, Braga se convirtió en el ex libris del Barroco en Portugal. Una vez más, por intermedio de varios arzobispos, los edificios religiosos se cambiaron de nuevo con la introducción de los estilos barroco y neoclásico.